Contabilidade para clínicas médicas e médicos, tratada online
A Wigo é um serviço de contabilidade para médicos, dentistas, consultórios e clínicas: isenção de IVA, transparência fiscal, ERS, retenções aos profissionais e obrigações fiscais. Quem responde pelas contas é um contabilista certificado.
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Miguel Dominguez · Contabilista Certificado
Atualizado a 5 de outubro de 2026
- Contabilista certificadoResponde pelas contas e pelas declarações da clínica.
- Faturação certificadaFaturas aos pacientes com a menção de isenção, em software incluído.
- Acesso onlineArquivo digital das faturas e números da clínica no painel.
- Acompanhamento todo o anoCada esclarecimento fica escrito.
O que complica a contabilidade de uma clínica médica
Foi escrita para o médico ou médico dentista que fatura através de uma sociedade unipessoal ou por quotas (Lda.), e para o consultório, a clínica médica ou a clínica dentária com alguns trabalhadores e profissionais pagos ao ato.
Atos isentos e atos com IVA na mesma clínica
As consultas e os tratamentos estão isentos de IVA, e a clínica não deduz o IVA das compras. A medicina estética sem finalidade terapêutica e o aluguer de equipamento pagam IVA a 23%.
Na Wigo: a equipa separa os atos isentos dos tributados e calcula o IVA que a clínica pode deduzir.
O lucro da sociedade pode ser tributado no IRS do sócio
A sociedade de um médico que exerce através dela está, em regra, em transparência fiscal: o lucro é imputado ao sócio e entra no IRS dele. A sociedade continua a entregar o Modelo 22 e a IES.
Na Wigo: o contabilista verifica em cada ano se a sociedade cumpre as condições do regime.
Retenções aos profissionais pagos ao ato
A clínica retém 23% de IRS nos honorários dos profissionais a recibos verdes, entrega as retenções até ao dia 20 do mês seguinte e declara-as no Modelo 10.
Na Wigo: as retenções são calculadas a partir de cada fatura-recibo e o Modelo 10 segue até ao fim de fevereiro.
A ERS é um custo a prever
O registo na Entidade Reguladora da Saúde faz-se antes de abrir: 900 € mais 25 € por profissional de saúde, com mínimo de 1 000 €. Depois há uma contribuição todos os anos.
Na Wigo: as taxas da ERS ficam registadas como gasto da clínica.
Como funciona o serviço de contabilidade médica da Wigo
A Wigo é contabilidade digital com pessoas certificadas a tratar das contas. O médico ou o gestor da clínica usa a plataforma como um software e tem um contabilista certificado responsável pelo dossiê.
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Simule o plano
Em cinco perguntas, indique a atividade da clínica, as faturas de despesa por mês e quem tem salário processado.
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Descreva a clínica
Numa reunião online, diga que atos presta, quantos profissionais trabalham ao ato e quem são os sócios.
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Comece a usar
A clínica recebe o software de faturação certificado, o painel com relatórios de gestão e o contacto do contabilista certificado atribuído.
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Entregue os documentos
Envie as faturas de consumíveis e de laboratório e as faturas-recibo dos profissionais. A Wigo trata dos lançamentos, do processamento de salários e das declarações.
- Declarações fiscais da clínica
- Software de faturação certificada
- Lançamentos e reconciliações bancárias
- Processamento de salário para um gerente
- Resposta escrita às dúvidas
Quanto custa a contabilidade de uma clínica médica ou dentária
Uma clínica paga na Wigo em função do que usa. O que define o valor mensal é o número de faturas de compras e despesas recebidas por mês. Há o plano Standard, para quem recebe poucas, e o plano Pro, para volumes maiores, com os limites indicados na página dos planos Wigo. Para volumes acima do Pro, a equipa comercial prepara uma proposta ajustada.
Numa clínica, as faturas de despesa vêm sobretudo de:
- consumíveis e material clínico;
- laboratório e próteses;
- faturas-recibo dos profissionais pagos ao ato;
- renda, software de gestão clínica e locação de equipamento.
O processamento do salário de um gerente faz parte do plano; rececionistas e assistentes com salário aumentam o valor mensal. No guia de preços de serviços de contabilidade vê o que deve estar incluído numa proposta.
Que plano serve a sua clínica?
Responda sobre a atividade, os documentos mensais e os salários da clínica. Fica a saber o plano e o motivo.
Simular o meu plano 1 minuto · sem cartão · sem compromissoContabilidade para dentistas, médicos e clínicas: regras de 2026
O essencial
- A isenção de IVA dos atos médicos consta da alínea 1) do art. 9.º do Código do IVA e aplica-se também quando é uma sociedade a faturar (AT, processo 15544).
- A isenção não dispensa a fatura: cada ato leva fatura com a menção «Isento artigo 9.º do CIVA», emitida num programa certificado e comunicada à AT até ao dia 5 do mês seguinte.
- A transparência fiscal é obrigatória quando as condições se verificam e avalia-se em cada período de tributação (OCC, parecer PT27959).
- A retenção na fonte dos profissionais da lista do art. 151.º do Código do IRS é de 23% desde 2025.
IVA por tipo de ato
| Ato | IVA | Fonte |
|---|---|---|
| Consulta e tratamento com finalidade terapêutica | Isento | Código do IVA, art. 9.º, 1) |
| Consulta online | Isento | OCC, parecer de 16/11/2022 |
| Medicina estética sem finalidade terapêutica | Taxa normal (23%) | AT, processo 25226 |
| Avaliações pedidas por terceiros, como a avaliação psicológica de condutores | Taxa normal (23%) | AT, processo 29611 |
| Aluguer de equipamento médico a terceiros | Taxa normal (23%) | AT, processo 14162 |
Quem junta atos isentos e tributados passa a ter atividade mista em IVA: entrega declaração de alterações e deduz o IVA das compras comuns em proporção dos atos tributados (pro rata) ou conforme o uso de cada compra (afetação real), nos termos do art. 23.º.
A renúncia à isenção de IVA só existe para os estabelecimentos da alínea 2) do art. 9.º, como hospitais e clínicas com estrutura hospitalar (art. 12.º). Um consultório ou uma pequena clínica que presta consultas cai na alínea 1), e aí a renúncia não é possível, segundo a OCC (parecer de 29 de dezembro de 2023).
Quando há transparência fiscal
O Código do IRC chama sociedade de profissionais a duas situações (art. 6.º, n.º 4):
- a sociedade criada para exercer uma atividade da lista do art. 151.º do Código do IRS, em que todos os sócios pessoas singulares são profissionais dessa atividade;
- a sociedade com mais de 75% dos rendimentos vindos dessas atividades, até cinco sócios e pelo menos 75% do capital detido por profissionais que exercem através dela.
Médicos e dentistas estão na lista. Uma sociedade nestas condições não paga IRC sobre o lucro, mas paga tributações autónomas (art. 12.º). A clínica sai do regime quando deixa de cumprir as condições: a AT analisou uma clínica com 52% do capital nas mãos de um sócio reformado e sem atividade, que ficou sujeita a IRC (processo 911/2017). Em 2026, a taxa geral de IRC é de 19%.
Um médico que abre uma sociedade unipessoal a contar com as taxas de IRC continua, em regra, a pagar IRS sobre o lucro. A transparência fiscal não depende de escolha.
ERS: registo e contribuição anual
| Custo | Valor | Quando |
|---|---|---|
| Taxa de registo | 900 € + 25 € por profissional de saúde (mínimo 1 000 €) | Uma vez, na inscrição |
| Contribuição regulatória | 450 € + 12,50 € por profissional (mínimo 500 €) | Todos os anos, a partir dos 12 meses após a obrigação de registo |
Prazos ao longo do ano
| Obrigação | Prazo |
|---|---|
| Faturas aos pacientes: comunicação à AT | Até ao dia 5 do mês a seguir à emissão |
| Declaração mensal de remunerações | Dia 10 do mês seguinte |
| Retenções na fonte: entrega ao Estado | Dia 20 do mês seguinte |
| Modelo 10 (honorários a recibos verdes) | Até ao fim de fevereiro |
| Modelo 22 | Último dia de maio, pelo prazo legal |
| IES | 15 de julho |
| Alterações ao registo na ERS | Nos 30 dias úteis seguintes |
O guia de contabilidade para microempresa cobre as obrigações de qualquer sociedade pequena; o do programa de faturação certificado explica os requisitos das faturas.
Um contabilista para médicos e clínicas, com tudo online
Um minuto no simulador chega para saber o plano. Também pode ver primeiro o que cada plano cobre.
Perguntas frequentes
Uma clínica isenta de IVA entrega declaração periódica?
Não, enquanto só praticar operações isentas sem direito à dedução (art. 29.º, n.º 3 do Código do IVA). Continua obrigada a emitir fatura por cada ato. Quando passa a ter atos tributados, como medicina estética ou aluguer de equipamento, entrega declaração de alterações e começa a enviar a declaração periódica.
Quem tem de estar inscrito na ERS?
Quem detém, gere ou explora um estabelecimento onde se prestam cuidados de saúde, seja pessoa singular ou coletiva. Conta também o profissional que trabalha em instalações de terceiros, mas se apresenta ao utente como responsável pelos cuidados, por exemplo porque emite faturas próprias ou tem convenções em seu nome.
As faturas da clínica contam como despesas de saúde no IRS do paciente?
Contam as faturas isentas de IVA ou à taxa reduzida, emitidas por entidades do setor da saúde e comunicadas à AT. O paciente deduz 15% dessas despesas, até 1 000 € por agregado (art. 78.º-C do Código do IRS). As faturas à taxa normal só contam com receita médica.
A clínica paga Segurança Social pelos profissionais a recibos verdes?
Pode pagar, como entidade contratante, quando mais de 50% do que um trabalhador independente fatura no ano é à clínica. A taxa é de 10% se essa parte passar de 80% e de 7% nos outros casos (art. 168.º do Código Contributivo). A regra só se aplica a independentes obrigados a contribuir e com rendimento anual de serviços igual ou superior a seis vezes o IAS.
As consultas online pagam IVA?
Não. A isenção depende da finalidade terapêutica do ato, e o facto de a consulta ser prestada online não a afasta, segundo a OCC (parecer de 16 de novembro de 2022).
Recursos e fontes oficiais
- AT: Código do IVA, artigo 9.º (isenções)
- AT: Código do IRC, artigo 6.º (transparência fiscal)
- OCC: parecer PT27959, IRC, transparência fiscal em sociedade do ramo da saúde
- AT: informação vinculativa, processo 25226 (medicina estética)
- ERS: Manual do Procedimento de Registo, edição de 2025
- AT: Código do IRS, artigo 101.º (retenção na fonte)
Miguel Dominguez
Wigo
Contabilista Certificado (OCC n.º 18228). Acompanha a contabilidade e a fiscalidade de microempresas e trabalhadores independentes em Portugal.
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